Først adskiller man sine restriktionfragmenter ved gelelektroforese. DNA’et på gelen denatureres og overføres til en positivt ladet membran. DNA’et vandrer over på membranen, fordi det selv er negativt ladet, under ikke-sure forhold. Herefter fastgøres det til membranen ved hjælp af UV-bestråling eller opvarmning.
DNA’et udsættes så for en hybridiseringsprobe, som indeholder denatureret DNA-sekvenser magen til restriktionsfragmentet, man tester for. Disse sekvenser er mærket for eksempel med et fluorescent stof eller ved, at man har inkorporeret 32P, som er radioaktivt, i DNA’ets backbone. Hvis membranen indeholder restriktionsfragmentet, man undersøger for, vil de hybridisere med probesekvenserne.