”Stjerneforsker eller fuld af fup?”

Dorrit Saietz fra Politiken har valgt at skrive denne tekst, som handler om hvorvidt den danske hjerneforsker Milena Penkowa taler sandt omkring sine forsøgsresultater. Journalisten Dorrit Saietz fortæller om den 37-årige professor og prisbelønnede eliteforsker. I Weekendavisen har to ph.d. studerende startet sagen, ved at fortælle om hvordan deres skuffende målinger af Milena Penkowas prøver, fremkom mindre skuffende og endda interessante da hun selv offentliggjorde dem i en videnskabelig artikel. I artiklen fortælles der også om at hjerneforskeren to gange tidligere, har fået sat spørgsmålstegn ved sit arbejde. Milena Penkowa har ikke selv noget at sige, og henviser til sin advokat. I artiklen ses der tilbage på tidligere udtalelser fra Milena, hvor hun virker meget selvsikker og hvor hun fortæller om den ”krig” der er imellem forskerne og at dette er normalt i hendes kredse.

Artiklen omhandler dels en nyhed - altså sagen, med de to ph.d. studerende, som fremkom i weekenden, og dels omhandler den baggrundsviden. Den uddyber også tidligere informationer og udtalelser omkring Milena Penkowa. Derfor er genren en nyhedsanalyse, placeret under de centrale informationsgenrer.

De fem nyhedskriterier er der tydeligt lagt vægt på i artiklen; som der selvfølgelig altid skal i en artikel. Aktualitet; i og med sagen begyndte i denne uges Weekendavis. Væsentlighed; da Milena er kendt indenfor forskning, og det kan have store konsekvenser hvis hendes prøver, som i dette tilfælde handler om proteiner i kræftceller i et antal vævsprøver, ikke er korrekte. Og dette kan have en stor betydning for os alle sammen, hvis det er sandt at hun snyder med sin forskning. Konflikt er i stor grad en del af artiklen, da hun selv ikke vil udtale sig, og hendes advokat derfor fortæller om hvorvidt hun er uenig i disse påstande. Derudover er der også konflikt indblandet når Milena (fra tidligere interviews) fortæller om den ”krig” der er imellem de forskellige forskere. Identifikation; i og med vi alle kan identificere os med at være syg, og Milena er forsker, og derfor nødig skulle snyde os med hvorvidt hun kan helbrede os eller ej. Sensation; dette er selvfølgelig med i artiklen. Dog ikke i stor grad, da afsløringen fandt sted i Weekendavisen, men det er selvfølgelig overraskende for læsere der ikke har hørt om dette, eller nu får fortalt et bredere omfang af hele historien.

Artiklens afsender er Dorrit Saietz fra Politiken. Artiklens modtager er i bund og grund hele den danske befolkning, da vi alle har mulighed for at læse denne artikel -i og med den er i Politiken. Som nævnt tidligere kan vi alle referere til det at have en sygdom, og derfor kan vi alle sætte os ind i problemerne der kan være ved at hun muligvis snyder os med sine forsøg.

Artiklen er placeret øverst i avisen på side seks. Det er altså noget man straks ser. Den fanger også hurtigt ens blik, med det store billede som lodret er ligeså højt som spalterne og som er placeret lige i midten. Dette giver en utrolig god effekt. Rubrikken fylder ligeså meget som artiklen på langs, og det giver også artiklen en god helhed. Derudover er der placeret en faktaboks nederst til højre for billedet, som gør at den ikke virker så vigtig. Artiklen ser også meget overskuelig ud, da den er opdelt i fire spalter, som ikke særlig lange, og med billedet i midten er artiklens layout firkantet, hvilket igen gør den overskuelig og let tilgængelig.

Idet at rubrikken lyder ”Stjerneforsker eller fuld af fup?” bliver man allerede interesseret i hvad artiklen handler om. Det er en meget fangende rubrik –det stemmer ikke overens med at hun er hjerneforsker, og ikke stjerneforsker som der står, men det journalisten har prøvet at fortælle er at enten er hun ”oppe og røre stjernerne” –altså virkelig fantastisk og perfekt, eller også er hun ”fuld af fup” som er det total modsatte, og her bliver man med det samme forundret over hvorfor hun mon kan være det. I underrubrikken skriver Dorrit Saietz udrtyk som ”en kometkarriere trues af et brat nedslag” for igen at vende tilbage til ”stjerneforskeren”, som Milena Penkowa måske ikke alligevel er, og det forklares i et ”brat nedslag”. Altså det har alt sammen noget at gøre med at nå stjernerne. Derudover er der en faktaboks i teksten, som giver os noget viden om Milena Penkowa. Dette fungerer godt.

I rubrikken tænker vi altså ”hvordan fupper hun os?” og vil derfor læse videre. Historien forklares hurtigt i underrubrikken og artiklen starter med at forklare os lidt om Milena –får hende til at lyde som en stjerne. Med sportsvogn, sort dress –det hele kører for hende. Og med ordene ”værsgo og skyld” får journalisten hende strakt til at lyde langt mere utroværdig –det hele kører altså alligevel ikke for hende. Alt dette er spændende! Derefter hører vi mere om de andre tilfælde af ”snyd og bedrag”, og til sidst rundes historien af med snakken om den interne ”krig” mellem forskerne. Altså er nyhedstrekanten anvendt i artiklen.

Sproget i artiklen er dels subjektivt. Der er ikke direkte skrevet ”jeg mener..”, men man kan mærke på journalisten at hun selvfølgelig mener at dette ikke er i orden, men hun slutter dog også af med at skrive ”Hun har meget at tabe –men det har Københavns Universitet også.” Og dette viser lidt at hun ikke rigtig holder med nogen. Sproget er ikke særlig svært at læse. Man behøver kun at læse teksten igennem en enkelt gang for at forstå indholdet. I starten er hun beskrevet som en ung, talentfuld kvinde –iført stramt dress og rød sportsvogn. Dette billedsprog gør at man ser sig hende for sig –og så er hun for resten på vej til at finde en kur mod sklerose. Altså beskriver journalisten hende meget godt. Der er ikke så mange korte sætninger i artiklen, men selvom sætningerne er lange, er de let tilgængelige og til at forstå.

Billedet som er placeret i midten af artiklen, er et arkivfoto, altså det er ikke noget der er fotograferet til lige præcis denne artikel. Dette ville også være meget ironisk, da hun på billedet, som skrevet modsat i artiklen, viser en meget stærk person. Hun holder en model af en hjerne i hænderne og mellem hendes ben er der placeret et mikroskop af en art. Der er lys på hende, altså hun er i fokus i sit sorte outfit og sin stramme hestehale. Billedet ser på en måde lidt ”Star-Wars”-agtigt ud –dette giver et betydeligt godt sammenspil med rubrikken, hvor der tales om stjerneforskeren.

Artiklen virker meget troværdig, idet der er mange forskellige udtalelser og der skrives om forskellige situationer –altså at det nu er trejde gang der sættes spørgsmålstegn ved Milena Penkowas forskning. Journalisten får det til at lyde som begge dele er mulige –Milena er stjerneforkser –men det er muligt det hele er fup!

Salinitet

Formål Er at undersøge hvordan salinitet påvirker smeltning af is.

Teori Saltet nedsætter vandets frysepunkt. Det gør det vanskeligt for vandets molekyler at finde sammen og danne iskrystaller. Salt er en kemisk forbindelse af natrium og klor så når salt kommer i forbindelse med is, opløses saltkrystallerne, og positive natriumioner frigøres sammen med negative klorioner. Disse ioner blander sig med vandet så vandmolekylerne ikke kan komme så tæt på hinanden, at de kan danne iskrystaller, selv om vandets temp. er på frysepunktet. Nye vandmolekyler kommer hele tiden i kontakt med isen, hvor de bliver indfanget og får iskrystallerne til at vokse - altså i en blanding af is og vand ved frysepunktet er der ligevægt: Der er også hele tiden vandmolekyler, der forlader iskrystallerne. Hvis der tilsættes salt, har natrium- og klorionerne ikke så let ved at placere sig i iskrystallerne, men fordeler sig i vandet og bortdriver vandmolekylerne.

Der er nu ikke er ligeså mange vandmolekyler, som kan blive indfanget af iskrystallerne men samtidig er antallet af molekyler, som forlader iskrystallen, uændret. Det betyder at iskrystallen taber mere vand, end den indfanger, og at isen smelter.

Hypotese Isterningerne vil smelte hurtigere jo højere saliniteten/saltkoncentrationen er, da salt har et lavere frysepunkt end vand.

Materialer
- 4 bægerglas
- 4 isterninger af ca. samme str.
- salt
- ske
- stopur
- vand
- vægt
- rørepind
- termometer

Forsøgets gang
1. Vi opstiller 4 bægerglas, med 100 ml vand i hver (Vi har målt at vandet i alle glas har samme temperatur, da dette kan være en fejlkilde)
2. I bæger 1 skal saliniteten være på 31,5 % (svarende til Det Døde Hav). Derfor fylder vi 31,5 gram salt i vandet. Derefter rører vi rundt med en rørepind, så saltet bliver opløst i vandet.
3. I bæger 2 skal saliniteten være på 3,5 % (svarende til Middelhavet). Derfor fylder vi 3,5 gram salt i og rører rundt.
4. I bæger 3 skal saliniteten være på 1% (svarende til Østersøen, hvor saliniteten svinger mellem 0,75% og 1,5%). Derfor fylder vi 1 gram salt i og rører rundt.
5. I bæger 4 skal saliniteten være på 3,7% (svarende til Nordatlanten, omkring Grønland) Derfor fylder vi 3,7 gram salt i og rører rundt.
6. Vi vejer nu nogle isterninger og finder de 4 isterninger, hvor vægten er mest ens, og kommer på samme tid en isterning i hver glas (Vi husker at notere de isterningernes forskellige vægt, da dette kan være en fejlkilde)
7. Vi starter stopuret, og der tages tid på, hvor lang tid det tager for hver enkel isterning at smelte. Vi husker at holde bevægelsen konstant –altså vi sørger for at der er stille omkring glassene, så det ikke påvirker smeltningen.

Resultater Vi gentog forsøget to gange, da resultaterne ikke stemte overens med teorien og vores hypotese den første gang. Dette er derfor resultater for andet forsøg:

	Det Døde Hav (bæger 1)	Middelhavet (bæger 2)	Østersøen (bæger 3)	Nordatlanten (bæger 4)
Salinitet	31,5 %	3,5 %	1 %	3,7 %
Temperatur	20ᵒC	20ᵒC	20ᵒC	20ᵒC
Bevægelse	Ingen	Ingen	Ingen	Ingen
Isternings vægt	12,92 gram	12,26 gram	13,90 gram	14, 90 gram
Tid, efter isterningen er smeltet	1159 sek.	1312 sek.	1338 sek.	1507 sek.

Databehandling

	Det Døde Hav	Middelhavet	Østersøen	Nordatlanten
Mistet masse pr. sekund (M) (Formel: M= gram/ sekunder for smeltning)	_12,92g__ 1159 sek. dvs. Isterningen smelter med =0,0111g/sek.	_13,26g_ 1312 sek. dvs. Isterningen smelter med =0,0101 g/sek.	_13,90g_ 1338 sek. dvs. Isterningen smelter med = 0,0104 g/sek.	_14,90_ 1507 sek. dvs. Isterningen smelter med =0,0099 g/sek.

Diskussion Første gang vi lavede forsøget, opnåede vi ikke de forventede resultater –fejlkilder kunne være upræcise målinger af salt og vand. En fejlkilde kunne også være at der var forskel på størrelsen af isterninger. Derudover kunne en anden årsag være tidspunktet isterningerne blev taget ud af fryseboksen, og nogen af isterningerne derfor kan være påbegyndt smeltning, da de blev puttet i vandet.
Anden gang vi lavede forsøget prøvede vi at undgå de fejlkilder fra første forsøg, ved at være mere præcise med målingen af salt og vand. Der levede resultaterne mere op til vores forventninger og til hypotesen, da isen nu smeltede hurtigst i Det Døde Hav (altså vandet med 31,5% saltinitet). Selvom dét passede, passede de andre tre resultater dog ikke, men dette kan have noget at gøre med, at når man laver forsøg med så lidt forskel kan resultaterne meget let blive ens eller utilregnelige (eksempelvis er der ikke meget forskel på et gram salt og 3,5 gram salt). Hvis resultatet skulle have gået som planlagt, og ifølge teorien og hypotesen skulle rækkefølgen for hurtigst smeltet isterning være:
1: Det Døde Hav,
2: Nordatlanten,
3: Middelhavet,
4: Østersøen.
- I vores forsøg (forsøg 2) blev rækkefølgen:
1: Det Døde Hav,
2: Østersøen,
3: Middelhavet,
4: Nordatlanten.

Perspektivering Med vores forsøg kan man perspektivere til saltning af veje i vintertiden. Saltets evne til at nedsætte vands frysepunkt og dermed få is til at smelte hurtigere, er en god måde at få isen på vejene til at forsvinde.
Men kan fiskene også udnytte salt, så de kan nedsætte deres frysepunkt, så de bedre kan klare sig i koldt vand ved at indtage saltvandet? Nej, så simpelt er det ikke. Der lever ingen fisk i Det Døde Hav. Det er grundet saliniteten –hvis fiskene sluger saltvandet, suger saltet alt vandet fra kroppen, og de kan ikke overleve. Dette er osmose –altså at salt går fra høje vandkoncentrationer til lave. I fiskens celler er der 100% vand –altså en høj vandkoncentration, og udenfor cellerne er der så saltvand som jo er en lav vandkoncentration, derfor er det osmose, og når dette sker udtørrer cellerne, og fiskene dør. Men hvorfor kan fisk så overhovedet overleve i noget slags saltvand? Dette er osmoseregulering - Altså det vand fisken indtager indeholder salt, men den udskiller noget af det overskydende salt via gællerne, og det ferske vand optages så i fiskens krop.

Konklusion Som skrevet i diskussionen, kan vi nu konkludere at resultaterne ikke helt stemmer overens med hypotesen, men nogenlunde. Der var noget der ikke helt passede, men vi tror det skyldes de fejlkilder, som også er nævnt. Resultatet stemmer nogenlunde overens med hypotesen da den siger at jo højere saltkoncentrationen er, jo hurtigere vil isterningerne smelte, hvilket passer i forsøget vi gentog, hvor isterningen smeltede hurtigst i bægeret med den højeste saltkoncentration.

Paradise Amalie på den røde løber

"Stina, ka' du så godt lide og gå rundt og klæde dig ud som en russisk roulette?” citat af Amalie Szigethy, Paradise Hotel, Sæson 6.

Hjemme i stuerne sidder samtlige af Danmarks borgere og morer sig over Paradise-Amalies uintelligente udtalelser. Men er det sådan samfundet burde hænge sammen? Er det meningen at medierne skal udstille dem, som tydeligvis ikke er orienterede om deres egne personlige krænkelser? Og hvorfor melder folk som Amalie sig til reality programmer?

Hvad gik der galt?
Ifølge Erik Eriksons teori om identitetsdannelse og socialisation i det senmoderne samfund dannes barnets personlighedstræk i barndommens forskellige faser. Paradise-Amalie har haft et utrolig iscenesat liv, hvor især hendes mor har været meget opmærksom på hendes behov og at sætte hende i fokus. Ifølge Erikson bør man i 2-3 års alderen begynde at lære at tro på sig selv og udvikle en selvstændighed. Denne fase har hendes forældre låst hende meget fast i, ved at blive ved med at give hende den opmærksomhed, hun har været vant til siden spæd. Derfor mener vi ikke hun er trådt udover de faste rammer hendes mor har afmærket hende. Og derfor sidder hun i sin egen ”boks” hvor der i bund og grund kun findes hende og hendes behov. Ikke i den forstand at hun ikke er blevet ældre, men at hendes forældre har haft svært ved at lade hende vokse op på egen hånd. Derimod har hun altid vores i families fokus og ikke psykisk kommet ud på egne ben. Dette bygger blandt andet på den måde deltagerne fra fx Paradise Hotel opfører sig på. Når de eksempelvis taler til kameraet om dem selv og deres behov, som åbenbart skal komme før alle andres; hvorfor det er forkert af ham eller hende at gøre de ting de gør, og de handlinger de gør for at de selv kan blive i programmet så lang tid som muligt, så de får den opmærksomhed i medierne, som de åbenlyst ønsker. Så de selv kan komme i centrum, og så det er dem det hele drejer sig om.

Opmærksomhed har ingen grænser
Amalie er et glimrende eksempel på subjektivisering. Thomas Ziehe har en teori om tre forskellige måder vi kan reagere på i senmoderniteten; ontologisering, potensering og subjektivisering. Subjektivisering betyder at man altid skal være opmærksom på hvad andre mener om en. Det er ikke nok at man selv, mener man er god nok som man er. Man skal hele tiden have dette bekræftet af andre også. Denne subjektivisering kan vi også se i mange andre realityprogrammer. I ”De Unge Mødre” hvor unge piger udstiller sig selv i de mest private omgivelser. Undersøgelser viser at det er gået så vidt, at de unge piger vælger at få et barn, udelukkende for at så kunne melde sig til programmer som ”De Unge Mødre”. Dette viser et desperat forsøg på at blive set og hørt i medierne. Dette kan man fx realitere til Geroge H. Meads teori om jeg, mig og den generaliserede anden. Og som i de fleste teorier, handler det om at ’følge med’ og ikke springe nogle trin over i den sociale udvikling. Den generaliserede anden erfarer fx udfra andres reaktioner på ens handlinger. Men dette ses ikke at have nogen betydning for de deltagere vi ser i reality programmerne. Fx udtaler hendes mor sig om at hun er ked af at Amalie blev udstillet dum, rundt på de fleste ungdomsværelser i Danmark, da Paradise-Hotel kørte på tv3. Men Amalie synes ikke at have noget forhold til dette, men vælger i stedet efterfølgende at starte sin egen tv serie, ”Amalies Verden”.

Går man ind på google og søger under navnet ’Amalie’ vil største delen af søgningerne handle om Amalie fra Paradise. Og i mange tilfælde handle om de mindre intelligente citater hun har sagt i både hendes forløb i ”Paradise Hotel” og ”Amalies Verden”.

Det handler om at blive set
Paradise Hotel er som bekendt en kamp om at være det sidste par tilbage, når finalen starter. Men det er ikke let at være en af dem komme så langt, for næsten lige meget for sikker man føler sig, snyder de andre deltager én, bare for at de selv kan ende med at stå som et finale par i sidste ende. Deltagerne er også delt op i grupper, hvor de gør hvad de kan for at trække tæppet væk under den modsatte gruppe. De lyver, snyder og bedrager hinanden, men det kommer alligevel som et voldsomt chok, for deltagerne, når de selv bliver snydt. Dette er endnu et glimrende bevis på den generelle naivitet, de alle sammen er ofre for. De mener selv at de er unikke og at de er centrum hele reality programmet. Vi bygger dette på teorien om identitetsdannelsen og socialisationen i det senmoderne samfund, under opdragelse. I den primære socialisering, er der lagt vægt på at man er unik, enestående, speciel og ikke mindst fantastisk.
I den sekundære socialisering bliver der derimod lagt vægt på at man er lige med andre og at ens behov ikke er det eneste folk fokusere på. Dette trin kommer ikke til syne særlig ofte i disse reality-shows. For eksempel i ”Amalies Verden” hvor Amalie endelig er ved at få ordentlig gang i sin karriere indenfor musikbranchen, men dropper det hele for at tage til Sunny Beach, med Peter, da de har aftalt at genoptage deres kæreste forhold dernede. I programmet ses hun hysterisk sidde og fortælle hendes mor om at hun ville droppe alt, bare for at komme derned og være sammen med Peter. I hendes øjne er dette nemlig det vigtigste. Men hun skænker ingen tanker til hendes manager, som har lagt et stort arbejde i at få hendes kommende CD op og stå. Men som altid går det efter Amalies næse og hun tager til Sunny Beach.
Det sidste trin er dobbelt socialisering, som kort sagt går ud på at have en situationsfornemmelse. At kunne tilpasse sig forskellige situationer, foretage forskellige valg, at reflektere sig selv i forhold til andre og at kunne kontrollere sine følelser. Men dette ses slet ikke i programmerne, da de reagere ukontrolleret på diverse episoder og som sagt lever i den tro at det kun er dem der er deltagere i spillet. Altså i perspektiv er de primært i den primære socialisering. De to andre er langt fra fuldendt. Vi mener at dette er ens betydende med at forældrene har holdt fast i deres ’lille’ barn. Et eksempel på dette, kan være at Amalie Szigethy’s mor fik en depression, da Amalie flyttede hjemmefra. Dette resulterede i adskillelige psykolog timer, da hun ikke følte hun kunne finde sig selv efter Amalies udflyt. Altså at forældrene, i dette tilfælde moren, har givet barnet kæmpemæssige dosser af opmærksomhed, på alle måder. I den verden vi lever i i dag, er der fra vores synspunkt, alt for stor vægt på "at være kendt". Men at folk vil gøre hvad som helst for at blive kendt, stopper nok ikke med det samme. Som vi har set de sidste mange år vokser disse handlinger højst sandsynligt med at medierne vokser - mange år ude i fremtiden, hvad vil folk så gøre for at få en plads i et quizprogram?

Villy Søvndal nøgen

Her ses Villy Søvndal fra SF nøgen. Han er en politiker med ben i næsen og sans for det flyvske. Han ryger på billedet pibe. Billedet chokerede verden da det kom ud. Det er et smukt portræt skabt af nutidskunstneren Asger Jørn.

Mads Mikkelsen og Paprika Steen nøgne

Her ses de to kendte danske skuespillere Mads Mikkelsen og Paprika Steen nøgne (Mads mikkelsen and Paprika Steen naked!).

dobbelt haploide hvedeplanter, Triticum spp

Formål

Det overordnede formål med denne øvelse er at udfærdige et genkort for en række dobbelt haploide hvedeplanter, Triticum spp. Alt dette afkom (110 planter) stammer fra krydsningen mellem de to homozygote linier CW204 og CW219.

Dag 1

De to hvedelinier var blevet krydset for at lave en heterozygot F1-plante. Fra denne plante har man taget dens haploide pollen umiddelbart inden blomstring (for at undgå selvbestøvning) og dyrket. Senere har man fordoblet kromosomtallet kemisk med colchicin, således at planterne er blevet dobbelt haploide (DH) se figur 1. Blade fra disse planter blev frysetørret og udleveret til os. Vi fik materiale fra planterne DH21,22,23 og 24. Herefter fulgte vi øvelsesvejledningen.

Spørgsmål til dag 1:

1:

	Figur 1: Krydsning af de to parentale linier og dobbelt-haploidisering. Billeder fra Wikimedia Commons.

2:

	A	A
a	Aa	Aa
a	Aa	Aa

Altså F1 er Aa. Disse segregerer i A og a, således at de nye planter (F2) efter kromosomfordobling er enten AA eller aa.

3: Vi smadrer plantematerialet mekanisk fordi cellens DNA ellers er beskyttet af flere membraner; cellevæg, cellemembran og kernemembran.

4: Ekstraktionsbufferen er en blanding af Tris-HCl, SDS og EDTA. Tris-HCl (se figur 2) stabiliserer pH. SDS (natriumlaurylsulfat, se figur 3) interfererer med de noncovalente bindinger i proteinet og får det dermed til at miste sin oprindelige form. Dermed kan disse proteiner, eksempelvis histoner, ikke binde mere og DNA’et frigøres. Det frie protein centrifugeres fra. EDTA kompleksbinder til metalioner i nukleaser således at disse ikke klipper DNA’et i smadder.

Figur 2: molekylestruktur af Tris. Kilde: ChemDraw structure of Tris fra Wikipedia.org

Figur 3: molekylestruktur af SDS. Kilde: ChemDraw structure of SDS fra Wikipedia.org

5: DNA’et vil udfælde i isopropanolen (se figur 4) og bundfælles ved centrifugering.

Figur 4: molekylestruktur af isopropanol (propan-2-ol). Kilde: ChemDraw structure of isopropanole fra Wikipedia.org

6: DNA’et beskyttes ved at EDTA i TE bufferen binder metalioner. TE-buffer består af Tris (en pH buffer) og EDTA (se figur 5). Tris sørger for at pH er konstant ved ca. 8, hvilket medfører at phosphatgrupperne er deprotonerede, og negativt ladede. Den positive side af H₂O molekyler tiltrækkes derfor og danner en ”kappe” omkring DNA-molekylet. Dette medfører at de enkelte DNA strenge skilles ad. EDTA er et molekyle der danner komplekser med nukleaser, og inaktiverer dem herved, således at DNA’et ikke klippes i stykker.

Figur 5: EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) danner kompleks med metalion. Kilde: ChemDraw structure of EDTA fra Wikipedia.org

7: Planter kan have forskellige mængder gener. En planteart med få gener er gåsemad (arabidopsis) der har ca. 27.000 gener. Man mener at de fleste planter har i omegnen af 30.000 gener.

Dag 2

Vi målte vha. NanoDrop koncentrationen af DNA i vores prøve, og lavede derefter en fortynding af vores fire planter.

Resultater

Note: Da gelbillederne fra vores eget ekstraherede DNA ikke viste nogen bånd, formodede vi at vores DNA-materiale var blevet nedbrudt. Derfor kørte vi videre med forsøget med materiale fra 2008, men samme plantemateriale.

Nedenfor ses gelbilleder fra vores forsøg:

De to billeder viser først og fremmest at der er længere DNA sekvenser i vores prøver. Derudover kan man give et skøn over størrelsen ved at sammenligne med de to størrelsesmarkører, 2-Log DNA Ladder og 100 ng Lambda DNA. På billedet kan man i toppen se et tydeligt bånd for alle prøverne, det er dette bånd vi mener, må være det største stykke sammenhængende DNA. De slørede bånd længere nede må være rester/fragmenter fra DNA, RNA eller organelDNA. Sammenligner vi vores markante bånd med Lambda DNA markøren, og en tabel over dennes bånds størrelse (s.14 i øvelsesvejledningen), skønner vi at størrelsen på vores DNA er ca. 23.000 kB (se pile).

Spørgsmål til dag 2:

1: Sammenlignet med størrelsesmarkøren skønner vi at størrelsen er 23.000 kB

2: I agarosegelen vil RNA og organelt DNA vandre væsentligt længere end vores nukleotid DNAsekvens(er) da disse er kortere, og dermed vandrer nemmere igennem agarosenettet.

3: Se figur 6:

Figur 6: Illustrationen viser i korte træk hvordan NanoDrop fungerer. Kilde: Bearbejdet fra NanoDrop

4: Den kemiske struktur for Ethidium bromid(EtBr) (figur 7):

Figur 7: Kemiske struktur af EtBr. Kilde: ChemDraw structure of Ethidium Bromide fra Wikipedia.org

IUPAC navn: 3,8-Diamino-5-ethyl-6-phenylphenanthridiniumbromid

EtBr placerer sig i rummet mellem baseparene i DNA, og på den måde fjerner det vand der ville bundet omkring EtBr. Og da EtBr er kraftigt fluorescerende i vandfrie miljøer, ses det langt tydeligere der hvor det er bundet til DNA.

5: Plasmider der er klippet (m. restriktionsenzymer), til kendte størrelser, så de kan bruges som reference.

LØ dag 3 (tirsdag d. 28. april 2009):

Prøve: 21,22,23,24 (prøver fra 2008, da vores egne ikke fungerede - formentligt var DNA’et degraderet)

1: 21 (grøn: SSR gwm120, 700nm)

2: 22 -

3: 23 -

4: 24 -

5: 21 (lilla: SSR barc128, 800nm)

6: 22 -

7: 23 -

8: 24 -

Fejlkilder: Ingen fejlkilder

Primer3 (se selvstændigt dokument)

Restriktionsenzymer: EcoRI (http://en.wikipedia.org/wiki/EcoRI) og HindIII (http://en.wikipedia.org/wiki/HindIII)

Spørgsmål til dag 3:

1: DNA’et denatureres og primer med M13 hale kobles på. DNA polymerasen syntetiserer resten af strengen ud fra den komplementære streng. Denne dobbeltstrengede DNA denatureres igen og reverseprimer bindes til komplimentærstrengen og DNA-polymerase syntetiserer en ny streng ud fra komplimentærstrengen. I denne nye streng inkorporeres M13 halen (komplimentær). Når denne denatureres og syntetiseres endnu en gang kan markørmolekylet inkorporeres, og dermed observeres. Efter dette trin kan PCR køre og markøren vil blive inkorporeret.

2: Taq er et termostabilt DNA polymerase der er fundet i Thermus aquaticus, som er en termofil bakterie.

3: Restriktionsenzymer er isoleret fra bakterier og archaea

4:

(krystalstruktur af EcoRI fra Protein Data Bank) (isoleret fra E. coli ) EcoRI klipper ved sekvensen G|AATTC og tilsvarende CTTAA|G

(krystalstruktur af HindIII fra ProteinDataBank) (isoleret fra Haemophilus influenzae) HindIII klipper ved sekvensen A|AGCTT og tilsvarende TTCGA|A

5: (se geldokument i LØ mappen)

6: Mængden af DNA er for stor til at der vil træde tydelige bånd frem på en gel.

7: (http://en.wikipedia.org/wiki/Southern_blot) (http://en.wikipedia.org/wiki/Probe_hybridization)

Johanne Schmidt-Nielsen og Naser Khader nøgne

Vores karikaturtegner Ole Olsen har stukket huld på en kreativ byld og her ses resultatet.

Naser Khader, folketingsmedlem for mange forskellige partier, ses her nøgen på vej til arbejde på borgen.

Og her ses Johanne Scmidt-Nielsen, folketingsmedlem fra Enhedslisten, nøgen.

Artikelpræsentation

Præsentation af artiklen ”Identification of Yersinia

enterocolitica genes affecting survival in an animal

host using signature-tagged transposon mutagenesis.”

Andrew J. Darwin & Virginia L. Miller, 1999.

Indledning

Jeg vil her gennemgå de væsentligste pointer fra

den ovenstående artikel fra det velansete

tidsskrift Molecular Microbiology.

Først vil jeg komme med baggrunden for at

undersøgelsen blev udført, hvad forfatternes

formål og hypotese var, hvordan de gjorde, hvad

de fandt ud af og slutteligt vil jeg kommentere

resultaternes betydning.

Baggrund

Tre arter af Yersinia slægten, en Gram-negativ,

stavformet og fakultativ anaerob enterobakterie,

er patogene for mennesker. Disse tre arter er Y.

pestis, Y. pseudotuberculosis og Y. enterocolitica

og de er forbundet med både lokale og systemiske

infektioner. Det er den sidste af disse bakterier

forfatterne her beskæftiger sig med, men

resultaterne er dog sigende for alle tre arter. Man

har tidligere identificeret et 70kb virulensplasmid

hos Yersinia, kaldet pYV, der kan findes i alle tre

arter. Generne på dette plasmid koder for mange

virulensfaktorer såsom type III sekretionssystem

(TTSS) (omtales senere) samt effektorproteinerne

til sekretion. Det er dog vist at pYV ikke er alene

om virulensen, men at der også er kromosomale

gener involveret. Bland andet er der gener der

koder for adhæsion og indtrængen i værtscellen,

binding af jern (siderophorersyntese) samt

syntese af lipopolysakkarid O-antigen.

Formål og hypotese

Efterhånden som sekvensering af hele genomer er

blevet lettere, har man genetisk kortlagt flere

patogene bakterier. Dog mangler man stadig

megen indsigt i hvilke gener der koder for hvilke

proteiner, og i særdeleshed hvilke gener der er

involveret i bakteriers virulensmønster.

Grundet besværligheder med at skulle teste hver

enkelt mutants virulensegenskaber og tilhørende

gener i et testdyr, havde det på daværende

tidspunkt ikke tidligere været muligt at lave

storskalaforsøg, der skulle kortlægge netop dette

for hele genomer. Det kan man nu ved hjælp af

signature-tagged mutagenesis (STM). Her vil

forfatterne lave en lang række mutanter, og en del

af disse vil være med forringede virulensegenskaber,

simultant teste flere stammer i en

enkelt vært, og derefter finde ud af hvilke gener

der i det givne tilfælde er forstyrret.

De forventer fra forsøgets start at en række af

deres mutanter vil være muteret i pYV, og at disse

vil have kraftigt forringet virulens. Derudover

håber de at opdage gener på kromosomet der

enten ikke er kendte, eller ikke er kendte i

forbindelse med virulens og overlevelse i vært.

Metode

En række signature-tagged mutanter blev

fremstillet med ved at pUT vektoren indeholdende

mini-Tn5 Km2 transposonet blev indsat i E. coli

stammen CC118, og derefter overført til Y.

enterocolitica stammen JB580v via konjugation.

Disse mutanter blev screenet for insertion af det

omtalte transposon ved ampicilin selektion

(forskellig koloniseringsmønster med og uden

insert) og der blev udført Southern blot på 18

tilfældige prøver hvor der blev screenet for

kanamycinresistens, som sad på transposonet.

Indledende undersøgelser viste at den bedste

infektionsmetode på testdyrene (6-7 uger gamle

BALB/c hunmus) var intraperitoneal (IP) injicering

(direkte injicering i bughule), med ca. 107 colonyforming

units (cfu), efterfulgt af opsamling fra

milten efter 48 timer.

For at undgå at injicere med svækkede auxotrofe

bakterier, blev der selekteret transposonmutanter

dyrket på minimalmedie.

STM

Metoden til at screene for svækkede bakterier

blev som nævnt gjort med signture-tagged

mutagenesis (STM). STM er en negativ

selektionsmetode hvor de her i forsøget bruger

deres pulje af mutanter (21 puljer af 96 mutanter)

til at inficere grupper af tre mus. Det specielle ved

STM er, at det indsatte DNA har et specielt

signaturmærke, et signature tag, som er en lille

velkendt sekvens der efterfølgende kan findes ved

Southern blot hybridicering. I den indledende

screening inficeres musene og bakterier opsamles

fra milten. Disse blandes og overføres til 96

kammers mikrotitterplade. Herefter screener man

med proper på originalbakterierne (input – alle

originale mutanter) og de der var at finde i milten

(output - de overlevende). På den måde kan man

finde de svækkede bakterier ved deres manglende

tilstedeværelse i de fra milten opsamlede

bakterier (negativ selektion), hvilket ses som

manglende eller svag hybridicering i forhold til det

fra input (første del af fig. 1 fra artiklen). Herefter

tog man de mutanter der udviste manglende

hybridicering – altså svækket virulens, og kørte

secondary screening med samme procedure som

før, men med dobbeltbestemmelse (2x3 mus).

Hermed skulle man mindske risikoen for at udtage

mutanter der reelt ikke var svækkede (anden del

af fig. 1 fra artiklen).

Efterfølgende blev svækkede mutanter undersøgt

og klassificeret fænotypisk og ved kloning

efterfulgt af sekvensering, og der blev udført

konkurrence- og vækstassays.

Resultater

På baggrund af de to indledende STM screeninger

fandt de frem til 68 mutanter med svækket

virulens. Som forventet ville en del af disse være

muteret i pYV, og det blev da også fundet at 29

var pYV mutanter. Dette blev undersøgt ved

vækstmønster på LBMOX plader og kanamycinsensitivitet.

Dvs. at der ud af de oprindelige 68

mutanter var 39 der havde mutationer i

kromosomale virulensgener. Ud af disse blev der i

16 tilfælde observeret den samme fænotype

(aggregering i flydende medie samt uklar vækst på

LB agar plader) som skyldes en defekt i LPS

syntesen, og dermed syntesen af O-antigen, som

er essentiel for Y. enterocoliticas virulens. Altså

var der nu 23 mutanter tilbage, hvor mutationen

sad et andet sted end i pYV eller LPS syntese

generne. For at konfirmere hvorvidt de reelt var

svækket undersøgte man alle 68 i et konkurrence

assay i mus, hvor man målte om bakterierne

klarede sig dårligere end vildtype Y.

Enterocoliticas. Af denne test fandt man at 10 af

de 23 var reelt svækket og samlet set var 55 af de

68 reelt svækket. Dette i deres øjne gode resultat

tilskriver de den dobbelte STM screenings

procedure.

Ved pYV mutanterne var det især i type III

sekretionsgenerne at insertet var at finde og i

særdeleshed i lcrV og yscL, dette kunne tyde på et

’hot-spot’ for insertion af transposonet mini-Tn5

Km2 netop her (fig. 2 fra artiklen).

Af de 16 med formodning om mutation i LPS / Oantigen

synteseapparatet, blev dette verificeret

ved sekvensering (fig. 2 fra artiklen).

De sidste 10 kromosomale mutanter blev ligeledes

ved kloning og sekvensering undersøgt. Her fandt

man insertet, og dermed forstyrrelsen, i gener der

kodede for ydre membransyntese (yifH og nlpD),

næringsoptag/erhvervelse (pstC og irp1) og stress

respons (dnaJ). De sidste 5 havde mutationer i

gener homologe til E. coli gener der koder for DNA

topoisomerase I (topA), phage shock protein

operonet (pspC) og to blev fundet med

mutationer i yibP, et gen med ukendt funktion i E.

coli. Til sidst fandt man en mutation i en sekvens

der ikke gav noget resultat i GenBank databasen.

(Fig. 2 fra artiklen).

NB. I artiklen laver de en rekonstruktion af pspC

mutanten for nærmere undersøgelse. Dette vil jeg

forklare i forbindelse med spørgsmål 3 senere.

Diskussion

De fik med dette forsøg vist at STM teknikken kan

bruges til at identificere en række gener i Y.

enterocolitica med mere eller mindre betydning

for dens virulens. De fik reidentificeret en række

essentielle virulensgener i pYV (type III

sekretionssystem) og i LPS syntesegenerne på

kromosomet. Resultaterne fra de kromosomale

mutanter mindede om tidligere STM resultater fra

de patogene Gram-negative bakterier Salmonella

typhimurium og Vibrio cholera hvor man også

fandt at bakterier med mutationer i gener

involveret i O-antigensyntesen, stress respons og

næringsoptag/erhvervelse havde svækket

virulens. Det mest opsigtsvækkende de fandt ud

af, var at genet pspC, homolog til det gen der i E.

coli er en del af phage shock protein operonet,

havde betydning for Y. enterocoliticas’s virulens.

Denne mutant udviste meget ringe virulensgrad i

testdyret, men voksede fint in vitro. Dette gen har

i E. coli ingen kendt funktion, men man ser en øget

ekspression ved ekspression af sekretinproteiner,

der bl.a. bruges i type III sekretionssystemet. Altså

en formodet sammenhæng til vigtige virulensgener.

Der skal dog forskes yderligere i denne

sammenhæng for at forstå betydningen af pspC

genet og dets virulensfunktion.

Artiklen har den betydning, at den viser at en lang

række virulensgener kan identificeres ganske

hurtigt og relativt simpelt ved STM metoden.

Dette betyder at andre patogene bakterier, Grampositive

såvel som Gram-negative, hurtigt kan

screenes for virulensgener, hvilket kan have stor

betydning for sygdomsbehandling, lægemiddeludviklingen

og vores generelle kendskab til

patogene bakterier.

Derudover er det brugbart i forbindelse med at

flere og flere organismers (især bakterier) genom

sekvenseres, og at der er behov for at forstå

betydningen af de enkelte gener i den undersøgte

organisme.

Generelt virker artiklen vellavet i forhold til

forsøgenes opbygning, reproducerbarhed og den

generelle struktur i artiklen.

Specifikke spørgsmål

Spørgsmål 1:

Signature-tagged mutagenesis (STM) er en teknik

der bruges til at undersøge geners funktion in

vivo. Man laver et transposon med en velkendt

signatursekvens, som så overføres til den

organisme der skal undersøges oftest via E. coli.

Transposonet, med signaturtagget, sætter sig et

tilfældigt sted i genomet eller i et plasmid, og vil

dermed med stor sandsynlighed forstyrre og

ødelægge det gen og dermed det translaterede

protein. I STM har hver enkelt transposon sin egen

unikke signatur, og kan derfor efterfølgende

findes ved DNA probehybridicering (Southern

blot). Til forskel fra almindelig random transposon

mutagenesis (RTM) hvor man for hver enkelt

mutation skal bruge et testdyr til negativ kontrol,

kan man her bruge en hel pulje (i artiklens tilfælde

bruger de 96 pr. testdyr) og finde en specifik

svækket mutant. I det originale design af STM som

blev udformet af Hensel et al.1 brugte man som i

forsøget her hybridiseringsprober, nu kan en

anden metode med PCR detektion, udviklet af

Lehoux et al.2 bruges. Her er ideen at hver enkelt

tag amplificeres med tag-specifikke primere.

Tilstedeværelsen af et PCR produkt fra et tag i

input pool og fraværet af samme PCR produkt fra

output pool viser tabet af den specifikke mutant

under den negative selektionsscreening.

Fordelene ved STM med begge signature-tag

detektionsmetoder er således klare, da man både

sparer tid (og dermed penge) og testdyr. Egentlige

ulemper i forhold til RTM har jeg svært ved at

finde.

Spørgsmål 2:

I artiklen dobbeltscreener forfatterne deres

mutanter. Dette gøres ved at lave prober der er

lavet til at hybridisere til det indsatte transposon

(baseparringsprincip). Når man udtager bakterier

fra musens milt vil de bakterier der er at finde der,

være de som er i stand til at inficere musen, altså

de bakterier vi ikke ønsker at undersøge. Men hvis

man finder de bakterier der, så at sige, mangler

kan man så finde det gen der er forstyrret ved at

se på input poolen. Dette gør de for at det

primært er svækkede bakterier de injicerer, og på

baggrund af denne dobbeltscreening opnår de et

resultat der hedder at 55 af de oprindelige 68

mutanter reelt var svækkede, hvilket svarer til

81%. Dette er en forbedring i forhold til tidligere

resultater, hvor kun 45% af de screenede

mutanter var reelt svækkede (her screenede man

Vibrio cholera).

1 Hensel M, Shea JE, Gleeson C, Jones MD, Dalton E, Holden DW:

Simultaneous identification of bacterial virulence genes by negative

selection. Science 1995, 269:400-403.

2 Lehoux DE, Sanschagrin F, Levesque RC: Defined oligonucleotide tag

pools and PCR screening in signaturetagged mutagenesis of essential

genes from bacteria. Biotechniques 1999, 26:473-478, 480.

Spørgsmål 3:

I forsøget vil de fastslå om de fænotypiske

ændringer skyldes transposon mutagenesen eller

om der er tale om en spontan mutation. I alle på

nær en enkelt mutant kan de dog udelukke

spontan mutation. Undtagelsen er i homologen til

E. coli genet pspC. Derfor konstruerer forfatterne

tre nye pspC mutanter i samme stamme af Y.

enterocolitica. Den ene nye mutant skulle være en

kopi af den mutant fra det oprindelige forsøg,

mens de to andre skulle være mutanter med en

insertion-deletion i genet, med en kanamycinresistens

kassette. Kopien blev lavet ved at det

indsatte fragment fra originalen blev opformeret

ved PCR og ligeret ind i en vektor og overført til Y.

enterocolitica ved konjugation. De to andre blev

lavet ved at kanamycin-resistens kassetten blev

indsat i to forskellige orienteringer ved ligering. Af

disse tre nye bakterier blev der igen foretaget et

konkurrenceassay. Resultaterne af dette assay

med de rekonstruerede mutanter ses i tabel 3 i

artiklen, og det ses i sammenligning med pspC

resultatet fra det første konkurrenceassay (tabel

2) at resultaterne er meget identiske - mutanterne

inficerer musene i ringe grad, men gror fint in

virto. De fastslår derfor, at mutationer i pspC

homologen i Y. enterocolitica væsentlig svækker

dens virulens.

Spørgsmål 4:

Type III sekretionssystemet (TTSS) er en kompleks

transmembran proteinstruktur der findes i mange

Gram-negative bakterier, patogene og nonpatogene.

Hos de patogene bruges det især til at

udskille proteiner der hjælper bakterien med at

inficere sin vært, og der er derfor kraftig

sammenhæng mellem virulens og tilstedeværelsen

af TTSS. Hallmarket i systemet er nålen.

Den sidder forankret først til den indre membran i

den indre membranring, via en connector over

peptidoglykanlaget til den ydre membranring

hvorefter den har krydset hele bakteriens

vægsystem. Selve nålen er hul, med en diameter

på ca. 3 nm, hvilket betyder at de fleste effector

proteiner skal udskilles i udfoldet tilstand. (se fig.

1 nedenfor)

Figur 1. Skematisk tegning af TTSS. Fra Wikimedia Commons

Tidligere mente man, at selve nålen var i stand til

at perforere værtscellerne, men dette billede er

nu ændret. Nu er teorien at den udsender

proteiner kaldet translocators, der danner en pore

i værtens cellemembran, hvorigennem andre

effektorer kan strømme.

I artiklen bliver transposonet i en af mutanterne

indsat i en sycT-yopM gen region, og dette

formoder de kan affektere gener der er involveret

i TTSS . De undersøger om det er på grund af fejl i

udskillelsen af såkaldte Yop proteiner (Yersinia

outer proteins), som er med til at perforere

værtscellerne, der er årsag til den svækkede

virulens. Derfor undersøgte de proteinsammensætningen

i vækstmediet for de omtalte

mutanter, og sammenlignede med vildtype (fig. 2).

I det forsøg fandt de ingen synlig forskel i

proteinbilledet for mutanterne og vildtypen.

Spørgsmål 5:

Der findes mange bakterier der bruger TTSS i

forbindelse med deres virulens. Af disse arter kan

nævnes Shigella (bacillary dysenteri), Salmonella

(tyfus), Escherichia coli (madforgiftning),

Burkholderia (glanders), Yersinia (pest), Chlamydia

(klamydia) og Pseudomonas. Den store udbredelse

af TTSS hos patogener kan skyldes at TTSS

kassetten kan overføres horisontalt mellem arter.

Som eksempel vil jeg bruge bakterien Shigella.

Den mest almindelige årsag til shigellainfektion er

forurening af mad med fækalier. Efter man har

spist inficeret mad eller vand vil bakterien

invadere sin vært gennem epitelceller i tyktarmen

ved hjælp af sit TTSS. Med dette injicerer den IpaD

protein ind i epitelcellen, der trigger den til at

optage bakterien. Denne vakuole bliver nedbrudt

af de udskilte IpaB og IpaC proteiner. Herinde kan

den nu dele sig, og ydermere kan den ved

IcsA proteinet "overtage" epitelcellens actin

polymeriseringsapparat, som den bruger til at

blive skudt rundt omkring i cellen, og ind i andre

naboceller som så bliver inficeret. I alt forårsager

Shigella ca. 165 millioner årlige tilfælde af

dysenteri, og ca. 1 million dødsfald - næsten

udelukkende i udviklingslande

Nekrolog: En skøn fugl er for evigt død, madagaskar snepen

Den yderst sjældne fugl Madagaskars alaotra-lappedykker er af eksperter blevet erklæret for uddød. Ja kære læser, du hørte rigtigt, uddød. Det er et faktum vi ornitolog-nekrologer er ganske glade for, nu kan vi så skrive en lille tekst. Men det er nu en skam for os alle. Hvil i fred kære Madagaskars alaotra-lappedykker, Tachybaptus rufolavatus.

Ornitolog-nekrolog Tøger Torkel, cand. cons.

læs mere på Politiken

Syre-base titrering. Indstilling af saltsyre

Formål

Bestemmelse af koncentrationen af saltsyre i en ukendt opløsning, ved indstilling overfor en urtiter substans (primær standard).

Metode

En kendt mængde af Tris, med en kendt koncentration, titreres med den ukendte opløsning af HCl.

Teori

Et mol saltsyre reagerer med et mol Tris. Analyserne med saltsyre har en molaritet på mellem 0,08 og 0,12 M, og herudfra har vi beregnet det omtrentlige omslagspunkt til at være ved 16,5 ml tilsat HCl (ud fra den oplysning, at forholdet mellem stofmængden af Tris og HCl er 1:1 og at saltsyrens koncentration gennemsnitligt er 0,1 M).

Reaktionsligninger

Stofligning:

(HOCH₂)₃C-NH_{2 (aq)} + HCl _(aq) ® (HOCH₂)₃C-NH₃⁺ _(aq) + Cl^- _(aq)

Ionligning:

R-NH_{2 (aq)} + H⁺ _(aq) ® R-NH₃⁺ _(aq)

Resultater

Vi valgte den ukendte saltsyre nr. 4.

Grovtitrering:

- Massen af Tris: 1,5448 g – 1,3251 g (bakkens vægt + rest) = 0,2197 g

- Vi titrerede 15.5 ml HCl

1. nøjagtige titrering:

- Massen af Tris: 1,5109 g – 1,3251 g (bakkens vægt + rest) = 0,1858 g

- Vi titrerede 12.8 ml HCl

2. nøjagtige titrering:

- Massen af Tris: 1,5615 g – 1,3197 g (bakkens vægt + rest) = 0,2418 g

- Vi titrerede 16.9 ml HCl

Beregninger

Vi beregner koncentrationen af den ukendte saltsyreopløsning:

Grovtitrering:

Vi beregner først n_(tris):

Som nævnt tidligere reagerer saltsyre og tris 1:1, så

n_(tris) = n_(HCl) = 0,0018 mol

Så koncentrationen af saltsyre bliver da:

1. nøjagtige titrering:

Vi beregner først n_(tris):

Så koncentrationen af saltsyre bliver da:

2. nøjagtige titrering:

Vi beregner først n_(tris):

Så koncentrationen af saltsyre bliver da:

Gennemsnit af de 3 bestemmelser:

Diskussion

Vores forsøg var meget vellykket. Grovtitreringen tydede på, at vi havde en saltsyre med koncentrationen på 0,12 M. Og efter at have lavet to nøjagtige titreringer, fik vi underbygget antagelsen, og vi konkluderer dermed, at vores ukendte saltsyre (IV) har koncentrationen 0,12 M.

Øvelse 3.b: Syntese af jern(II)sulfat heptahydrat

Formål

Fremstilling af jern(II)sulfat heptahydrat FeSO₄×7H₂O.

Metode

Jern-søm opløses i svovlsyre under hydrogenudvikling og dannelse af jern(II)sulfat i opløsning.

Teori

Jern er mindre elektronegativt end hydrogen, og derfor vil der blive dannet jern(II)-ioner i opløsningen med svovlsyre. Vi bruger et overskud af jern, som bevirker fældning af metaller, der er mere elektronegative end jern, samt hindrer oxidation af Fe²⁺ til Fe³⁺.

Reaktionsligninger

Ionligning:

Fe _(s) + 2 H⁺ _(aq) → Fe²⁺ _(aq) + H_{2 (g)}

Stofligning:

Fe _(s) + H₂SO_{4 (aq)} + 7 H₂O _(l) → FeSO₄ ×7 H₂O _(s) + H_{2 (g)}

Følgende reaktion vil forløbe ved oxidation med luftens oxygen:

2 H₂O _(l) + 4 Fe²⁺ _(aq) + O_{2 (g)} + 8 OH^- _(aq) → 4 Fe(OH)_{3 (s)}

Resultater

Massen af jernsøm: 4,95 g

Mængde tilsat svovlsyre: 4 ml

Udbytte af jern(II)sulfat heptahydrat: 12,88 g

Beregninger

	Fe (s)	+	H2SO4 (aq)	+	7 H2O (l)	→	FeSO4 ×7 H2O (s)	+	H2 (g)
m	4,95 g						20,02 g
M	55,85 g/mol						278,022 g/mol
n	0,0886 mol		0,072 mol				0,072
V			4 ml
c			18 M

Som man kan se, er svovlsyren den begrænsende faktor.

Det teoretiske udbytte er: 20,02 g.

Udbytteprocenten:

Diskussion

Som det ses, har vi fået en forholdsvis lille udbytteprocent. Dette skyldes hovedsageligt, at reaktionen ikke nåede at løbe til ende, for da vi stoppede kogningen var der stadig stor hydrogenudvikling omkring sømmene, og vi tror, at hvis vi f.eks. havde givet det en halv til hel time mere, så var der blevet dannet en del mere FeSO₄×7H₂O. En anden lille fejlkilde er, at man under forsøget (specielt filtreringen) kan miste lidt af stoffet.

Øvelse 3.c: Reagensglasforsøg

1. forsøg

- 4 M NH₄Cl:

pH aflæses til ca. 5.

Reaktionsligninger:

NH₄Cl _(aq) → NH₄⁺ _(aq) + Cl^- _(aq)

NH₄⁺ _(aq) + H₂O _(aq) ⇌ NH_{3 (aq)} + H₃O⁺ _(aq)

pH beregnes til:

Som det ses er der ikke stor afvigelse mellem målt og beregnet pH værdi.

- 2 M NH₃:

pH aflæses til ca. 11.

Reaktionsligning:

NH_{3 (aq)} + H₂O _(aq) ⇌ NH₄⁺ _(aq) + OH^- _(aq)

pH beregnes til:

pH værdierne er meget tæt, taget i betragtning at det højeste vi kunne måle med indikatorpapir var 11.

2. forsøg

Vi så hverken farveskift eller bundfald, men der skete en gasudvikling, og vi målte pH i gassen til 11.

Ionligning:

NH₄⁺ _(aq) + OH^- _(aq) → NH_{3 (g)} + H₂O _(l)

Stofligning:

NH₄Cl _(aq) + NaOH _(aq) → NH_{3 (g)} + H₂O _(l) + NaCl _(aq)

Når vi så måler at gassen har en pH på ca. 11, passer det jo meget godt med, at det er ammoniak på gasform der bliver dannet.

3. forsøg

Farveskift: klar lyseblå → blå (uklar/grumset) → mørkeblå (klar)

Bundfald: 1 dråbe NH₃ medfører mørkeblåt bundfald, og 6 dråber opløser bundfaldet.

Reaktion:

Når kobber(II)sulfat opløses. Kobberionen er (lyse)blå i vand:

CuSO_{4 (s)} ® Cu²⁺ _(aq) + SO₄^2- _(aq)

Ammoniak er en svag base:

NH_{3 (aq)} + H₂O _(l) ⇌ NH₄⁺ _(aq) + OH^- _(aq)

Tilsætning af ammoniak til kobber(II)sulfat giver først et bundfald af blåt kobber(II)hydroxid:

Cu²⁺ _(aq) + 2 OH^- _(aq) ⇌ Cu(OH)_{2 (s)} (*)

Ved overskud af ammoniak dannes den dybt mørkebå kompleksion tetraamminkobber(II)-ion:

Cu²⁺ _(aq) + 4 NH_{3 (aq)} ⇌ Cu(NH₃)₄²⁺ _(aq)

Herved forskydes ligning (*) til venstre, kobber(II)hydroxidet opløses, og der fås en meget mørkeblå opløsning:

Cu(OH)₂ + 4 NH_{3 (aq)} ⇌ Cu(NH₃)₄²⁺ + 2 OH^-

4. forsøg

Farveskift: klart → mælkehvidt → klart

Bundfald: 1 dråbe NH₃ medfører hvidt bundfald, og 7 dråber medfører at bundfaldet opløses.

Når zinksulfat opløses:

ZnSO_{4 (s)} ® Zn²⁺ _(aq) + SO₄^2- _(aq)

Tilsætning af ammoniak til zinksulfat giver først et bundfald af hvidt zinkhydroxid:

Zn²⁺ _(aq) + 2 OH^- _(aq) ⇌ Zn(OH)_{2 (s)} (*)

Ved overskud af ammoniak dannes den komplekse ion tetraamminzink(II)-ion:

Zn²⁺ _(aq) + 4 NH_{3 (aq)} ⇌ Zn(NH₃)₄²⁺ _(aq)

Herved forskydes ligning (*) til venstre, zinkhydroxidet opløses, og der fås en klar opløsning:

Zn(OH)_{2 (s)} + 4 NH_{3 (aq)} ⇌ Zn(NH₃)₄²⁺ + 2 OH^- _(aq)